Javier Moreno nació en París en 1963. Es licenciado en Química –especialidad Industrial– por la Universidad de Valencia (1988). Ejerció la profesión en Alemania –BASF, Ludwigshafen– hasta 1992, fecha en la que cursó el Máster en Periodismo UAM-EL PAÍS. Trabajó inicialmente en la sección de Economía del diario y en 1994 se incorporó a la edición de México, el embrión del actual EL PAÍS América, como jefe de la redacción del entonces Distrito Federal. Tras su regreso a España en 1997, se sumó a la sección de Internacional. En 1999 fue nombrado jefe de la sección de Economía y en 2002 se hizo cargo de la corresponsalía del periódico en Berlín. En 2003 fue nombrado director del periódico económico Cinco Días.

En 2005 regresó a EL PAÍS, inicialmente como subdirector a cargo de la edición dominical, y posteriormente como director adjunto. En 2006, coincidiendo con el 30º aniversario del periódico, fue nombrado director, cargo que ejerció hasta mayo de 2014. En esos años, el periódico llevó adelante la primera gran reforma de la edición impresa desde su fundación. También fusionó las redacciones impresa y digital para lanzar la actual edición digital.

La redacción participó en exclusivas internacionales como los cables secretos del Departamento de Estado de EEUU, junto con The New York Times o The Guardian; la exclusiva conocida como Chinaleaks, así como relevantes informaciones nacionales como los papeles de Bárcenas, entre muchas otras. En 2013 puso en marcha la edición América de este periódico.

Tras dejar la dirección de EL PAÍS en 2014, Moreno fue el director-fundador de la Leading European Newspaper Alliance (LENA), que agrupa a ocho periódicos líderes en Europa (Le Figaro, Le Soir, Tages-Anzeiger, Tribune de Genève, Die Welt, La Repubblica, Gazeta Wyborcza y EL PAÍS). Dirigió la Escuela de Periodismo UAM-EL PAÍS desde diciembre de 2017 hasta junio de 2018, fecha en la que fue nombrado director de EL PAÍS en América, con sede en Ciudad de México.

En  junio de 2020  es nombrado de nuevo director de EL PAÍS.